Steven «Flash» Gordon avait 13 ans lorsque son père, un scientifique, a mystérieusement disparu. Il avait toujours cru que son père était mort dans un incendie. Mais, plus tard, quand il retrouve Hans Zarkov, l'assistant de son père, il apprend que ce dernier a disparu dans un tunnel qui ouvre un passage entre la Terre et la planète Mongo.

Flash doit empêcher l'empereur Ming, qui dirige la planète Mongo, d'envahir la Terre. Il doit alors faire équipe avec son ex-petite amie, Dale, devenue journaliste, et Hans, pour protéger la planète et ses habitants, et garder le secret sur le tunnel.