Des individus avec des capacités neurologiques hors du commun, les Alphas, sont recrutés par une section secrète du gouvernement afin d'œuvrer pour le bien-être de la société et arrêter les Alphas mal intentionnés… Leur principal ennemi est le groupe terroriste Red Flag qui milite pour la reconnaissance et l'indépendance des Alphas. Il utilise le meurtre et les assassinats pour arriver à leur fin.

Après avoir révélé au monde entier l'existence des Alphas, le Dr Rosen doit reformer son ancienne équipe  afin de sauver la vie de deux des leurs Gary et Bill qui ont été pris en otage par Cornell.

Quand un témoin est inexplicablement assassiné dans une pièce fermée d’un tribunal fédéral, le Dr. Lee Rosen est mis sur l’affaire. Il dirige une équipe d’Alphas, des êtres humains aux capacités extraordinaires.
 
Gary Bell, un autiste capable de lire les ondes électromagnétiques ; Bill Harken, un ancien agent du FBI doté d’une force surhumaine ; Nina Theroux, une jolie femme qui peut reprogrammer l’esprit des gens et les pousser à faire ce qu’elle veut ; et Rachel Pirzad qui a la capacité de décupler un de ses sens au détriment des autres.